Certe fonti confermano che resti dell'antico edificio religioso erano stati inglobati nelle strutture delle Caserme; cfr. ad esempio MISCOSI G., I Quartieri di Genova antica, ed. Tolozzi - Genova 1966, p. 135: "... vi è chi dice che delle colonne dell'antica Chiesa fossero incorporate nelle Caserme ed in questo caso un diligente esame degli addetti ai lavori del Nuovo Porto, potrebbe fare gli opportuni rilievi e fotografarle prima di demolirle".

Sembra pensarla diversamente SALVI G., "Distruzione della Badia Genovese di Capodifaro", su Benedictina XV - 1968, p. 341: "... tra molte persone anche colte si sperava che, dell'antica badia, qualche cosa fosse rimasta tra le mura delle grandi caserme ... Allettato da una tale speranza, con permesso gentilmente concessomi dall'autorità militare, feci una visita lassù. Rimasi deluso completamente. L'antica cappella della caserma alta, ridotta a scuderia, recante ancora rozze tracce di sacre pitture, aveva tratti molti in inganno. La verità dolorosa era questa: del celebre monastero non rimaneva più nulla; anche le fondamenta erano state demolite per fabbricare le nuove ridotte. Solo un coperchio di tomba ... mi fu fatto vedere come avanzo di tanta rovina. Mi fu anche indicato il posto, già preparato in un muro esterno della caserma, dove lo si voleva collocare a testimonianza dei tempi ...". Quest'articolo, pubblicato nel 1968, fu scritto circa quarant'anni prima.